Il Comune di Varna comprende territori nella Valle Isarco e ampie superfici nelle Alpi Sarentine. Il capoluogo Varna si trova a 650 m di altitudine sulla destra orografica, il lato occidentale dell’Isarco, e occupa il conoide del Rio di Scaleres. Sulla sponda opposta del fiume si trova la frazione di Novacella (600 m).
A occidente del territorio comunale si elevano le Alpi Sarentine, le cui sezioni ricadenti nel comune di Varna sono suddivise dalla Val di Scaleres, dalla Val Speluca e dalla Val Flagg. La Val di Scaleres ospita la frazione di Scaleres (1150 m), la Val Speluca la piccola località di Spelonca (1300 m); la Val Flagg, della quale solo il tratto superiore appartiene a Varna, è invece disabitata.
